隋唐時(shí)期，長(zhǎng)干寺逐漸破敗。唐長(zhǎng)慶四年(公元824年)，時(shí)任潤(rùn)州刺史的李德裕將長(zhǎng)干寺阿育王塔地宮打開，從中發(fā)現(xiàn)了21枚舍利。李德裕將其中的11枚遷往潤(rùn)州(今江蘇省鎮(zhèn)江市)，在北固山甘露寺建塔供奉。這些舍利以后一直留在鎮(zhèn)江，成為甘露寺鎮(zhèn)寺之寶。1960年這11枚舍利被考古發(fā)掘出土。而另外的10枚則被留在原地，成為長(zhǎng)干里佛教復(fù)興的基礎(chǔ)。

　　北宋大中祥符年間，埋藏在長(zhǎng)干里地下的佛祖舍利經(jīng)常顯靈，全城僧俗民眾屢生感應(yīng)。這就是其后10枚真身舍利被稱為“感應(yīng)舍利”的原由。金陵高僧可政法師將此事上奏給當(dāng)時(shí)的宋真宗，真宗派人調(diào)查后認(rèn)為屬實(shí)，下詔重修長(zhǎng)干寺，并興建九級(jí)佛塔。真宗親自為塔賜名“圣感舍利塔”。在此次重建過程中，從北印度來(lái)華的高僧施護(hù)將他帶來(lái)的佛頂骨舍利捐獻(xiàn)給長(zhǎng)干寺，瘞藏于新建的寶塔地宮之中。天禧二年(公元1018年)，真宗根據(jù)他的新年號(hào)，下詔將長(zhǎng)干寺改稱為天禧寺。

　　北宋時(shí)期，天禧寺還迎來(lái)了第三份重要的舍利，它來(lái)自唐代著名高僧玄奘法師(《西游記》中唐僧的原型)。他圓寂后葬于西安少陵原，唐高宗為他特建大唐護(hù)國(guó)興教寺和五重舍利塔。唐末該塔遭盜發(fā)，玄奘遺骨不幸暴露。興教寺僧眾將其中劫余的一塊頂骨護(hù)送至終南山紫寺閣，建塔奉養(yǎng)。北宋初年，可政大師在終南山朝圣，無(wú)意中發(fā)現(xiàn)了這塊頂骨，千里背負(fù)迎歸金陵長(zhǎng)干寺。其后寺內(nèi)專門建造了一座“三藏塔”供奉這份舍利。